壓力蒸汽滅菌器的容器中存在著一定的壓力和溫度，屬于特種設備，如果使用操作不當，容易造成人身傷害事故，所以使用時應注意這些：
經常檢查滅菌器電源線的接地是否良好，以保證人身安全。
滅菌器應置于通風干燥、無易燃易爆物品的室內使用。
安全閥、排氣閥出廠時已校定位置，閥上的鉛封及螺絲不得任意拆啟。
對堆放物品不得超過總容積的4/5位置。
密封圈切勿附油，以免損壞膠質而造成漏氣。
嚴禁對與蒸汽介質接觸引起爆炸或突然升壓性的化學物品滅菌。
堆放滅菌器物品時，嚴禁堵塞安全閥、排氣閥的出氣孔，必須留出空位確保空氣暢通，否則安全閥和排氣閥因出氣孔堵塞不能工作，造成事故。
滅菌液體時，應將液體灌裝在耐熱玻璃瓶中，以不超過3/4體積為好，瓶口選用棉花紗塞。切勿使用打孔的橡膠或軟木塞；在滅菌結束后，不準立即釋放蒸汽，必須待壓力表指針回零后方可排放余氣。
對不同類型、不同滅菌要求的物品，如敷料和液體等，切勿放在一起滅菌，以免造成損失。
壓力表使用日久后，壓力指示不正確或不能回復零位，應及時予以更換，平時應定期送有資質的單位進行校驗，若不正常，應換上新表。
安全閥應定期檢查可靠性，如壓力表指針已超過0.165Mpa時安全閥不起跳則必須立即停止使用并更換合格的安全閥。
消毒器使用時應消毒室內，有專人操作，不得在公共場所使用。
插座必須裝有連接地線應確保電源插頭插入牢固。切勿損壞電線或使用非的電源線。電源線連接上的彈簧片為保護接地，應保持接觸良好。
安全閥和壓力表使用期限滿一年應送法定計量檢測部門鑒定。
消毒器物品之間留有間隙，順序地堆放在消毒器內的篩板上，這樣有利于蒸汽的穿透，可提高滅菌效果。
加熱時注意把電源線插頭插緊，使插頭接地銅片與護罩緊密接觸，保證使用安全。加熱開始時打開排氣閥，消毒器內冷空氣會隨著加熱由閥孔溢出。當閥孔有急的蒸汽沖出時，將排氣閥關閉。消毒器壓力達到所需范圍時，適當調整或通斷熱源，使之維持恒壓，并開始計算消毒時間，按不同的物品和包裝保持所需消毒的時間。
敷料、器械和器皿等消毒后需要干燥時，可在消毒終了時將消毒器內的蒸汽由排氣閥排出，當壓力表指針回復到零位后稍待1-2分鐘，將蓋打開，并繼續加熱幾分鐘，這樣能使物品達到干燥目的。
溶液培養基等若在消毒后立即放汽，會因壓力突然下降引起瓶子爆破或消毒器內裝溶液溢出等嚴重事故。所以在消毒終后不應立即放汽，而應停止加熱使其自然冷卻20-30分鐘，使內在壓力冷卻而下降至零位（壓力表指針回到零位）后數分鐘，將排氣閥打開，然后略微打開蓋子（開一條縫），人離開消毒室，待其自然冷卻到一定程度再取出。
